动物是由宿主机体和共栖微生物构成的共生总体。 宿主性状的表现既受其自身基因的调控，又受到肠道菌群的影响。微生物组关联分析（MWAS）通过检测与表型相关的肠道微生物标记， 阐明核心微生物对宿主表型的调控效应。微生物组全基因组关联分析（ mGWAS）将宿主基因组遗传变异与肠道微生物群落丰度关联，阐明宿主对微生物群落组成的调控机制。
多组学联合定位。
表型数据和基因型数据的充分应用。
不同来源样本采用不同提取方法和建库测序策略，满足多种环境研究需求。
本研究利用收集的多世代选育的广明2号白羽肉鸡，对464只鸡进行了采食量单笼测定和全基因组测序，并对300只鸡的盲肠微生物和SCFA进行了检测。研究发现，SCFA具有中等及以上遗传力，其中与丙酸显著相关的基因组变异区间在chr4:29414391-29417189，其中top位点分型（Chr4:29417189:G>A）AA型个体与GG型相比，饲料报酬相差0.027 (FCR:1.658vs.1.685)，相关位点有重要育种价值。通过重要变异位点属丰度差异，MWAS分析和组间差异分析，阐明了盲肠中的克里斯滕氏菌科中的Christensenellaceae_R-7_group属，是宿主基因组和短链脂肪酸浓度联合影响鸡饲料效率路径中的重要微生物类群。
