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产品介绍

中国水产科学研究院珠江水产研究所赵建研究员团队与北京华亿体育_华亿(中国)公司农业科技有限公司联合开发了一款适合于乌鳢的靶向捕获育种芯片 ——“乌鳢50K育种芯片”。该芯片包含了50K个高质量的SNPs位点,涵盖了与性别相关的功能位点,适用于乌鳢全基因组选择育种、新品种培育、群体家系构建及系谱鉴定等基础研究。

产品信息

关键参数

乌鳢50K育种芯片

标记信息

标记类型

SNP

标记总数

50000

性别相关位点

230

技术类型

华亿体育_华亿(中国)公司CAGT®靶向捕获测序技术

测序群体

山东、浙江、安徽、湖北、湖南、四川、天津、黑龙江等地区乌鳢以及白乌鳢、金乌鳢

参考基因组

GCA_033026475.1

应用方向
育种保种应用
全基因组选择育种
新品种培育
群体家系构建及系谱鉴定
基础研究
全基因组关联分析
选择信号分析
群体遗传进化分析
种质资源评估


数据表现
乌鳢50K育种芯片 — 染色体分布情况

图1 芯片位点在染色体上的分布图

乌鳢50K育种芯片 — MAF分布

图2 芯片位点MAF分布

乌鳢50K育种芯片 — 位点注释情况

图3 芯片位点注释情况

乌鳢50K育种芯片 — PCA比较分析

下图为根据群体原始基因型获得的PCA(左图),下图为根据芯片SNP位点获得的PCA(右图),样本聚集情况在二者中表现基本一致,说明该芯片可较好地代表群体原始状况。