宏基因组学（Metagenomics），是以特定生境中的整个微生物群落作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本DNA进行测序，研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等，已广泛应用于微生物领域。
可鉴定环境样品中物种组成和功能组成。
可检测环境样品中极低丰度物种。
可组装获得环境中单菌基因组信息。
周期短、通量高、信息全。
本研究以中国著名土猪宁乡猪和杜长大仔猪之间的肠道宏基因组和转录组分析，揭示宁乡仔猪肠道功能的改善可能是通过调节肠道微生物来增强肠道屏障基因和免疫基因的表达，为改进育种策略和开发饲料干预方面提供了应用潜力。
