微生物组指的是包括微生物（细菌、古细菌、低等或高等真核生物和病毒）的基因组（基因），以及其周围环境在内的全部。研究其基因组常用的方法包括扩增子测序（16S/18S/ITS 测序）和宏基因组测序。 扩增子测序主要通过对特定长度的 PCR 产物进行测序分析，研究环境微生物多样性、群落组成差异及物种间的进化关系。
可以快速鉴定环境样本中的物种组成。
拥有土壤、粪便、肠道内容物、滤膜等各类环境样本的提取经验。
成本低、高通量、准确性高、分析速度快。
充分挖掘物种信息和功能。
本研究以公湖羊羊羔为研究对象，整合体重表型记录、全基因组遗传变异信息和瘤胃微生物16S rRNA扩增子测序数据，阐明了宿主基因组影响180日龄体重中的变异位点和瘤胃重要微生物类群。系统研究了调控绵羊体重的宿主遗传基础和肠道微生物效应，并从基因组的视角，探究了宿主遗传基础、消化道微生物、体重表型间可能存在的内在联系。
